Las categorías inferiores o divisiones menores del club hacen referencia a los equipos de reservas y juveniles que representan a Millonarios en los torneos nacionales en categorías inferiores, se creó a mediados de la década del 60 y ha servido como plataforma al equipo bogotano para sustraer varios jugadores para su plantilla profesional. Fundado el 9 de mayo de 2018, es el encargado de representar a Millonarios en la Liga Profesional Femenina de Fútbol de Colombia.