En la temporada 1964-65, el Wigan Athletic ganó su primer título de la Liga de Cheshire desde que regresó a la liga, equipacion manchester united con el máximo goleador Harry Lyon anotando 66 goles. En 1945 el Wigan Athletic fue escogido para jugar en otra liga, la Lancashire Combination, y en 1950 estuvo muy cerca de ser elegido para participar de la Football League, camiseta manchester united pero perdió en contra del Scunthorpe United por nueve votos.