Por primera vez en 8 años de permanencia en la Premier League, el equipo jugó en segunda división. Wigan Athletic se corona campeón de la FA Cup por primera vez en su historia tras vencer por 1-0 al Manchester City el 11 de mayo de 2013, camiseta de manchester united con un gol de Ben Watson en tiempo suplementario. Wigan Athletic juega durante esta temporada en la Football League One de Inglaterra, siempre estando entre los primeros 4 puestos, codeándose con equipos históricos de la talla del Blackburn Rovers.